公司注销，存在合作欠款，是否涉税

应收账款：如果公司在注销时有未收回的应收账款（即其他公司欠你的公司的款项），这些应收账款可能被视为公司的资产。根据税法规定，若这部分应收账款最终确认无法收回，可以作为坏账处理，并在一定条件下申请税前扣除。

应付账款：如果公司有尚未支付给其他公司的欠款（即你公司的应付账款），那么在公司注销之前需要清偿这些债务或者与债权人达成协议。如果确实无法偿还且经过合法程序确认为无法支付的负债，则这部分应付账款可能被视为公司的收入，按照规定缴纳企业所得税。

清算所得：在公司进行清算过程中，所有资产变现后的净收益减去清算费用、员工安置费等后如有剩余，将被视为清算所得，需依法缴纳企业所得税。

因此，在公司注销时，应当对所有的财务状况进行全面清理，并依法申报纳税。如果有不确定的地方，建议咨询专业的税务顾问或者会计师以获取具体的指导。同时，确保遵循当地税务局的要求完成所有必要的手续，以免后续产生税务风险。